cisco450927さん
具体的にどのようなカウンターで差異が出ているのか不明なので、詳細は回答できませんが、経験的なところで書かせていただきます。
show controllers はポートのASIC等、チップ（コントローラー）の情報を収集して表示していると思われ、チップで処理した数が表示されているのでしょう。これは受信したフレームを該当チップがどのようにカウントするかにも依存するため、同じトラフィックを受けても異なる機種だと数が異なるということは起きえると思います。
その一方で、show interfaces ではコントローラーからの数字をもとに機種ごとの違いを吸収すべく表示している部分があるのではないかと想定され、違いが発生しているのではないかと考えます。また、コントローラーではフレームベースで見ているのに対し、show interface では該当インタフェースが L2 or L3 インタフェースかでも値の表示には違いがあると思います。
ただ、IOSの実装にも依存する部分はあるため一概にお答えすることは難しい内容です。何か値の差異により問題が発生しており、原因追及が必要な場合はシスコTACへ調査依頼をした方が良いかと思います。
